La Junta Rectora de Escuelas Católicas de Extremadura está integrada por el Presidente/a, Secretario/a Regional, hasta seis vocales representantes estatutarios de las entidades integrantes (vocales estatutarios), y hasta seis vocales representantes de las entidades titulares de los Centros (vocales directores).
Actualmente son miembros de la Junta Rectora de EC Extremadura, con voz y voto:
Presidencia
- Juan Ignacio Poyatos Martínez
 
Vicepresidencia
- María Encarnación Barroso Cerro
 
Secretaría Autonómica
- María del Socorro Fuentes Prieto
 
Vocales
- D. Jesús Berrocal Álvarez
 - Dña. Julia Expósito Pico
 - Dña. Mª Luisa Sánchez Flores
 - D. Jesús Pedro Batuecas Garrido
 
Administrador
- D. Jesús Berrocal Álvarez
 
Departamentos
- Administración y Gestión
 
Sonia Rodríguez Tacones
extremadura@escuelascatolicas.es
- Gestoría
 
Piedad Navarro Gragera
piedad.navarro@ferececa.es
María Manchado Quirós
formacion@ecextremadura.es
- Jurídico-Económico
 
Francisco Javier García Villar
fgarciavillar@escuelascatolicas.es
Iván Hodar González
ivanhg@eyg.es
- BEDA
 
María Manchado Quirós
formacion@ecextremadura.es
- Pedagógico-Pastoral
 
Sonia Rodríguez Tacones
extremadura@escuelascatolicas.es